Od začiatku 50. rokov do roku 1988 bol Lenárt funkcionárom KSS. Od septembra 1962 do apríla 1968 predsedom vlády ČSSR, v rokoch 1970-88 prvým tajomníkom ÚV KSS. V roku 1990 ho vylúčili z KSČ. Po páde komunistického režimu žil v Prahe.
Spolu s bývalým generálnym tajomníkom ÚV KSČ Milošom Jakešom bol Lenárt obžalovaný z vlastizrady, ktorej sa mali dopustiť v auguste 1968 tým, že kolaborovali s okupačnými mocnosťami. Podľa obžaloby mali vyjednávať so sovietskym veľvyslancom o vzniku robotnícko-roľníckej vlády, ktorá mala okupáciu legitimizovať.
Vrchný súd v Prahe v júni 2003 rozhodol o tom, že sú nevinní, keďže sa úmysel vytvoriť takúto vládu nepodarilo preukázať.
