Okrem toho obidve strany podpísali aj dohodu o obchode, ktorá by mala vstúpiť do platnosti 1. januára budúceho roku.
Chorvátsko sa tým zaviazalo prispôsobiť všetky svoje zákony platnému zákonodarstvu únie a umožniť voľný obchod. Hlasovania sa zdržali poslanci nacionalistických strán. Svoj postoj odôvodnili tvrdením, že dohody neznamenajú žiadne zbližovanie s EÚ, ale nebezpečenstvo ohrozenia štátnej suverenity.
Po Macedónsku sa stalo Chorvátsko druhou krajinou spomedzi bývalých štátov Juhoslávie, ktorá podpísala Stabilizačnú a asociačnú dohodu. Záhreb si tým otvoril cestu vedúcu k prípadnému členstvu v únii. Podľa nacionalistov však dohoda nezaručuje, že EÚ ponúkne Chorvátsku vstup do svojich radov.
Dohoda o obchode vytvára zónu voľného obchodu s tovarom a službami na obdobie nadchádzajúcich šiestich rokov.
