Do Maďarska sa vrátil v roku 1944 a získal si popularitu ako minister poľnohospodárstva, ktorý začal pozemkovú reformu. Dostal sa však do konfliktu s oficiálnou líniou strany a vylúčili ho z vedenia.
Po smrti Stalina v roku 1953 sa stal šéfom vlády a pokúsil sa o umiernené ekonomické a politické reformy. V roku 1955 ho opäť odvolali a dokonca vylúčili zo strany. Na rozdiel od vtedajších komunistických zvyklostí odmietal vykonať sebakritiku a stal sa neoficiálnou hlavou opozície.
Pod tlakom demonštrácií 23. októbra 1956 sa stal znovu premiérom. Postupne sa radikalizoval, požadoval odchod sovietskych vojsk z Maďarska, pripustil stranícku pluralitu a zostavil koaličnú vládu. Nakoniec vyhlásil neutralitu Maďarska a jeho vystúpenie z Varšavskej zmluvy.
Po útoku Sovietskej armády proti Budapešti utiekol s niekoľkými spolupracovníkmi na juhoslovanské veľvyslanectvo - neskôr ich internovali v Rumunsku. Odmietol sa zriecť funkcie premiéra, uznať verejne svoje chyby a legitimovať tým novú moc vedenú Jánosom Kádárom. V koncepčnom procese ho 15. júna 1958 odsúdili k smrti a druhý deň ráno obesili.
Slávnostný pohreb Nagya 16. júna 1989 je považovaný za koniec komunizmu v Maďarsku.
Mészárosovej film o Imre Nagyovi vyvolal v Maďarsku veľkú diskusiu. Režisérke sa napríklad vyčíta, že z Nagya urobila osamoteného hrdinu a mučeníka a zamlčala príbeh jeho spolubojovníkov, ktorí za revolúciu tiež zaplatili svojím životom. (pm)