Keď sa Boris Jeľcin stal v roku 1985 predsedom komunistickej strany v Moskve a kandidátom politbyra, stálo v protokole o osobnom strážcovi: úlohou bol poverený Alexander Koržakov, dôstojník 9. oddelenia KGB. Keď M. Gorbačov vyhnal Jeľcina z úradu, Moskovčan Koržakov bol jeden z mála, ktorí zostali Jeľcinovi verní. Čím vyššie po svojom páde stúpal Jeľcin, tým vyššie išiel aj on. Alkoholické excesy a slabosti srdca robili ruského prezidenta zraniteľným: Koržakov bol majstrom ututlávania a časom si privlastňoval stále viac moci a vplyvu.
V máji 1993 Jeľcin založil paralelne k existujúcej novú tajnú službu, hlavnú správu pre osobnú stráž, s Koržakovom na čele. Kompetencie: ochrana osôb a budov. Kontrola elitných jednotiek KGB prešla rovnako na Koržakova. Pri dobytí moskovského sídla parlamentu - Bieleho domu v októbri 1993 vtrhol Koržakov na čele svojich jednotiek do budovy parlamentu a donútil stúpencov opozície vzdať sa s rukami nad hlavou. O ďalšie z prekvapení sa Jeľcin postaral, keď založil prezidentskú bezpečnostnú službu, opäť s Koržakovom ako vrchným šéfom. Táto služba dozerala na všetky ruské tajné štruktúry.
V roku 1995 Koržakov založil v jednom dome niekde na Kutuzovskom prospekte vlastnú odpočúvaciu službu. Mal pod palcom všetky bezpečnostné služby Ruska, vnútorné rovnako, ako aj zahraničné, všetky dôležité elitné jednotky, medzi nimi aj osobitnú "Alfu", ako aj centrum pre boj s terorizmom. Ďalej mal právo bez vedomia vtedajšieho ministra vnútra Anatolija Kulikova v prípade núdzového stavu veliť týmto jednotkám.
Koržakovova hviezda zhasla, keď zažiarila iná - v období medzi prvým a druhým kolom prezidentských volieb na prelome júna a júla 1996 si Jeľcin zabezpečil podporu svojho vtedajšieho protikandidáta a kritika Alexandra Lebeďa tým, že ho vymenoval za tajomníka svojej Bezpečnostnej rady. Lebeď vzápätí odstránil ministra obrany Pavla Gračova i samotného Koržakova, "jastraba", ktorý údajne nahováral Jeľcina, aby si udržal moc v rukách i za cenu použitia sily. Podľa niektorých zdrojov stáli za odvolaním Koržakova Jeľcinova dcéra Tatiana Diačenková, medzičasom menovaná za jeho oficiálnu poradkyňu, a ďalší blízky Jeľcinov spolupracovník a Koržakovov odporca, súčasný podpredseda vlády Anatolij Čubajs, ktorí vraj neskôr podobným spôsobom "zapracovali" aj pri odstránení samotného Lebeďa. Odvolanie Koržakova sa dávalo do súvislosti aj s jeho hospodárskymi záujmami, predovšetkým v ropnom a zbrojárskom obchode.
