Andrejčákovi z 27. novembra 1995. M. Kováč v ňom poukazuje aj na problémy rezortu Ministerstva vnútra SR, rozpory medzi orgánmi, odvolanie vyšetrovateľov z prípadu osobou, ktorá na to nemá oprávnenie, a podobne. V súvislosti s rozpormi medzi SIS a PZ, na ktoré prezident vo svojom liste poukazuje, J. Kosťov poznamenáva, že vyšetrovatelia PZ, ako aj vedenie Sekcie vyšetrovania a kriminaliticko-expertíznych činností PZ postupujú podľa Trestného poriadku a súčinnostné vzťahy vyvíjajú v rozsahu platnej zmluvy medzi SIS a Policajným zborom. K odňatiu spisu mjr. J. Šimuničovi sa uvádza, že "vyšetrovateľ PZ odmietol postup v zmysle kriminalistických zásad a interných normatívnych právnych aktov, prípad medializoval, čím hrozil únik utajovaných skutočností". Druhému vyšetrovateľovi P. Vačokovi odňal trestný spis dozorujúci prokurátor v zmysle paragrafu 174 ods. 2 písm. f) Trestného poriadku, ktorý znie: Pri výkone dozoru je prokurátor oprávnený odňať ktorúkoľvek vec určitému vyšetrovateľovi a urobiť opatrenie, aby sa vec prikázala inému vyšetrovateľovi. Ani v tomto prípade teda nedošlo k odňatiu trestnej veci neoprávnenou osobou. Z týchto dôvodov považuje J. Kosťov výhrady prezidenta SR M. Kováča za neopodstatnené.