S obmedzovaním akademických slobôd sa Univerzita Komenského potýkala už dvakrát vo svojej histórii

Univerzita Komenského vznikla v roku 1919 a po prvý raz v dejinách tak malo Slovensko svoju vysokú školu, ktorá poskytovala možnosť získať najvyššie vzdelanie v rodnom jazyku. Začiatky budovania Univerzity Komenského neboli ľahké, pretože Slovensko nemalo

dostatok vzdelaných odborníkov pre vyučovanie na jednotlivých fakultách a nebolo ani učiteľov pre základné a stredné školy. Výrazne sa to prejavilo napríklad pri vznikajúcej právnickej a filozofickej fakulte, budovanie prírodovedeckej sa v prvých dvoch desaťročiach existencie univerzity nedalo uskutočniť vôbec. Zo štyroch navrhovaných fakúlt sa ako prvá pomerne úspešne začala rozvíjať lekárska fakulta (1919). Univerzita Komenského sa na začiatku stretávala okrem nedostatku špecialistov i s priestorovými problémami, nedostatočným prístrojovým vybavením a chudobnou dotáciou. Veľký význam pre rozvoj a uplatňovanie akademických slobôd na univerzite mali českí učenci, ktorí so sebou priniesli tradície pražskej Karlovej univezity. Postupne sa Univerzita Komenského dostávala i do povedomia v zahraničí. Na UK prichádzali na študijné a prednáškové pobyty viacerí profesori z Francúzska, Anglicka, Nemecka, USA. Po Mníchovskej dohode, ktorá viedla k rozbitiu ČSR, musela univerzitu opustiť väčšina českých profesorov. Vládni činitelia Slovenského štátu neustále vyvíjali tlak na zrušenie akademických slobôd, voliteľnosť akademických funkcionárov, odstránie habilitačného pokračovania, čím chceli na univerzite dosiahnuť presadenie svojich zámerov. Jediným pozitívnym krokom v rozvoji univerzity v tomto období bolo otvorenie prírodovedeckej fakuty (1940). Po skončení druhej svetovej vojny politický zápas o moc zasiahol aj univerzitu. Na základe vysokoškolského zákona z 18. mája 1950 sa reformovalo štúdium na vysokých školách a začali sa politické čistky. Systém riadenia a štruktúra vysokoškolských univerzitných a fakultných orgánov, ktoré zaviedol zákon, znamenali predovšetkým zrušenie relatívnej nezávislosti a rozsiahlej samosprávy vysokoškolskej obce, zároveň sa však začala etapa kvantitatívneho rozvoja univerzity. Postupne sa rozrastala o nové fakulty: pedagogickú (1946), farmaceutickú (1952), fakultu telesnej výchovy a športu (1960), lekársku fakultu v Martine (1962), matematicko-fyzikálnu (1980). Výrazne narastal aj počet študentov, ktorý dosiahol vrchol v sedemdesiatych rokoch (v školskom roku 1978/79 18 050). Po novembri 1989 sa na UK vytvorili najvyššie orgány samosprávy, riadenie sa decentralizovalo na fakulty, ktoré majú právnu subjektivitu, obnovilo sa habilitačné konanie. Vznikli nové fakulty - rímskokatolícka bohoslovecká fakulta (1990), evanjelická fakulta (1990) a fakulta managementu (1991). Popri 5-ročnom magisterskom a na lekárskych fakultách 6-ročnom doktorskom štúdiu sa na niektorých fakultách uskutočňuje aj trojročné bakalárske štúdium.