Pracovná atmosféra na ministerstve obrany bola počas uplynulých štyroch rokov poznamenaná veľmi zlými osobnými a neexistujúcimi pracovnými vzťahmi medzi šéfom rezortu Jánom Sitekom a jeho štátnym tajomníkom Jozefom Gajdošom. Tento spor pozorovatelia označovali za vonkajší prejav politického konfliktu medzi koaličnými partnermi HZDS a SNS. Profesionálni vojaci a zamestnanci ministerstva však okrem politického rozmeru šarvátok medzi Sitekom a Gajdošom pociťovali aj ich negatívny vplyv na rozvoj profesionálnej úrovne Armády SR.
Je verejným tajomstvom, že v pozadí nezhôd medzi ministrom a jeho štátnym tajomníkom bol okrem iného aj boj o kontrolu nad realizáciou deblokácie ruského dlhu vo forme vojenskej techniky. Zdá sa, že jeho víťazom sa stal napokon Jozef Gajdoš, ktorého vláda uznesením poverila, aby v mene rezortu obrany túto časť deblokácie ruského dlhu voči Slovensku zabezpečoval. Na verejnosť prenikli niektoré sprievodné javy nezhôd vrcholných predstaviteľov ministerstva obrany. Medzi najpikantnejšie patrilo zneužitie Vojenského obranného spravodajstva (VOS) proti ministrovi obrany Jánovi Sitekovi. Riaditeľ VOS Milan S., ktorý je politickým chránencom Jozefa Gajdoša, prostredníctvom niekoľkých lojálnych osôb nechal monitorovať pohyb svojho najvyššieho nadriadeného a vydal pokyn na získavanie informácií o politickom vplyve ministra Siteka v jednotlivých regiónoch Slovenska. Ďalším prvkom koloritu ministerstva obrany bolo napríklad kolovanie listu Jozefa Gajdoša Jánovi Sitekovi medzi zamestnancami rezortu, v ktorom sa štátny tajomník ministrovi obrany vyhrážal podaním trestného oznámenia na jeho osobu. Vrcholom treníc medzi oboma zainteresovanými funkcionármi, ktoré sa stali aj predmetom širokej publicity, bola predvolebná aktivita Jozefa Gajdoša na vojenských útvaroch v Banskobystrickom a Prešovskom kraji, počas ktorej profesionálnych vojakov a civilných zamestnancov útvarov presviedčal, že keď vyhrá HZDS voľby, v armáde sa zmení veľa vecí k lepšiemu. V tejto súvislosti pridával bonmot, že po voľbách pôjdu "bačovia" naspäť na Oravu. Nikomu zo zainteresovaných neušlo, že minister Sitek a jeho poradca Jozef Holdoš sú rodákmi z tohto regiónu. Jeden z Podbieľa a druhý z Dolného Kubína…
Napriek tomu, že Ján Sitek bol podrobne informovaný o všetkých protiprávnych aktivitách VOS a intrigách Jozefa Gajdoša, nepričinil sa o vykonanie nápravy. Riaditeľa VOS Milana S. za jeho zneužitie vojenskej kontrarozviedky neodvolal z funkcie. Jediná sankcia, ktorú voči nemu vyvodil, bolo zníženie jeho osobného ohodnotenia. Po zistení, že VOS monitorovalo aktity ministra obrany, Ján Sitek nikdy viac neprijal na svojom sekretariáte ani v pracovných, ani v osobných záležitostiach jej riaditeľa Milana S. Faktickým víťazom tohto konfliktu však bol Jozef Gajdoš, ktorý v spolupráci so zborom svojich poradcov a niektorých vysokých funkcionárov rezortu presadzoval politické zámery HZDS. PETER TÓTH