P. Vačokovi bol odobraný spis po tom, ako vydal uznesenie o trestnom stíhaní príslušníkov Lexovej tajnej služby. Bývalý príslušník SIS O. Fegyveres pred vyšetrovateľom a niekoľkokrát verejne v médiách vypovedal o účasti SIS na únose mladého Kováča. Pre denník SME uviedol, že SIS sa podieľala aj na provokácii proti biskupovi R. Balážovi. Tento prípad je známy ako kauza obrazu Klaňanie sa troch kráľov. Príslušný sudca dokonca potvrdil, že pracovník SIS, ktorý sa predstavil ako Jaroslav Svěchota, s odvolaním sa na štátny záujem požadoval povolenie na odpočúvanie a sledovanie Biskupského úradu v Banskej Bystrici. Bývalý legalizant SIS M. Patrik uviedol, že riadiaci pracovníci tajnej služby od neho požadovali, aby krivo vypovedal o tzv. samoúnose M. Kováča ml. a aby potvrdil, že bývalý prezident M. Kováč ho mal nahovárať na nepravdivé svedectvo proti SIS a jej riaditeľovi. Spoluväzeň predsedu KDH J. Čarnogurského J. Skošnik z obdobia komunistického režimu podal svedectvo pre denník SME, podľa ktorého ho SIS zneužila v rámci kauzy uloženia výbušnín na mítingu v Športovej hale na Pasienkoch v Bratislave. Skošnika mali pracovníci SIS nútiť, aby vypovedal, že funkcionári KDH ho nahovárali na uloženie výbušnín do haly, pričom táto skutočnosť sa mala propagandisticky zneužiť proti vtedajšej vláde premiéra Mečiara. Najzávažnejšie podozrenie voči SIS súvisí so zavraždením R. Remiáša, ktorý bol spojkou spomínaného O. Fegyveresa. Remiáša pred zavraždením intenzívne rozpracovávala sledovačka SIS.