Hnutie ducha svätého, ktoré pod vedením Alice Lakweny začalo podkopávať vládu prezidenta Museveniho.
Po porážke odišla Lakwena do exilu v Keni. Po jej odchode vytvorili vzbúrenci nové hnutie - Armádu božieho odporu (LRA), na čelo ktorej sa postavil fanatický kazateľ z Gulu, Joseph Kony.
Zámerom LRA je zvrhnúť Museveniho a zaviesť režim založený na desiatich božích prikázaniach.
Brutálny teror, ktorý úplne rozvrátil kedysi prosperujúci sever Ugandy, však s kresťanskými zásadami nemá nič spoločné. Mnoho príslušníkov hnutia konvertovalo na islam a vodca Kony má približne šesťdesiat manželiek a niekoľko mileniek.
Jedným z dôvodov, prečo konflikt trvá už 19 rokov, môže byť angažovanie sa Sudánu vo vojne. Aj keď oficiálne Chartúm podporu povstalcom odmieta, je fakt, že LRA si svoje základne zriadila práve na juhu Sudánu. Tam trávi väčšinu času aj Joseph Kony.
Tvrdí sa, že sudánska vláda dodáva rebelom z LRA zbrane aj peniaze. Aby Chartúm vyvrátil toto podozrenie, dostali ugandské vládne jednotky v roku 2002 povolenie prekročiť hranice so Sudánom a zaútočiť na základne LRA. K úspechu to však neviedlo. Naopak, LRA začala severnú časť Ugandy terorizovať ešte brutálnejšie.
Rebeli používajú partizánsku taktiku boja, v malých skupinkách napádajú osady či utečenecké tábory a potom sa rýchlo stiahnu do neprehľadného buša. Do otvoreného boja s vládnymi jednotkami sa väčšinou nepúšťajú.
Odhaduje sa, že zo svojich domovov bolo vyhnaných okolo 1,5 milióna ľudí, 20 000 detí bolo unesených a počet mŕtvych sa odhaduje na desiatky tisíc.
