Danovi Brownovi často vyčítajú, že mieša fakty s fikciou. Do istej miery je to pravda - kniha je však beletria a má právo na svojskú prácu s faktami. Ako sám autor priznal, pri písaní vychádzal z voľnej interpretácie histórie v knihe Svätá krv a svätý grál a podriadil ich potrebám napätia v románe.
Väčšina reálií v Da Vinciho kóde skutočne jestvuje, ich spájanie do nejakých alternatívnych dejín však odborníkmi nie je považované za opodstatnené.
Hlavným problémom je vzťah dvoch druhov evanjelií. Okrem štyroch evanjelií Nového zákona (Lukáš, Marek, Matúš, Ján) jestvujú aj takzvané apokryfy - texty, ktoré nie sú oficiálne uznané a nenachádzajú sa v Biblii. Práve o ne sa Brown opiera, používa ich však účelovo a často s chybami.
Príkladom takejto manipulácie môže byť tvrdenie, že kanonizácia textov Nového zákona sa odohrala na Nikajskom koncile v roku 325 n. l. Dokázaným faktom však je, že na tomto koncile sa riešila Ježišova božská podstata, to, či bol, alebo nebol smrteľný. Tento problém potom súvisí s tým, či sa mohol oženiť s Máriou Magdalénou.
Ďalším faktom je, že Nový zákon tak, ako ho poznáme dnes, sa prvýkrát spomína až niekedy v druhej polovici 4. storočia. V roku 367 n. l. sa objavuje list biskupa Atanázia, ktorý obsahuje zoznam kníh, ktoré je vhodné čítať v kostoloch ako kanonizované. (tp)