Stroessner vládol v Paraguaji 35 rokov, až do roku 1989. Počas jeho diktatúry uväznili 360–tisíc osôb a 1,5 milióna ich utieklo z krajiny. Po svojom páde spôsobenom vojenským prevratom odišiel do exilu. Jeho meno sa objavuje v súvislosti s takzvaným Plánom kondor, v rámci ktorého latinskoamerické diktatúry 70. a 80. rokov minulého storočia koordinovali odstraňovanie odporcov. V roku 1993 ho priamo obvinili z mučenia ľudí a Paragua • naňho vydala zatykač.
Stroessner, známy ako El Continuador (Pokračovateľ), sa narodil ako syn Paraguajky a nemeckého prisťahovalca.