K hnilobám cibule patria tzv. krčkové hniloby spôsobované hubou Botrytis allii a príbuznými druhmi rodu Botrytis. Huba preniká do cibule vo fáze zaťahovania listov. Pletivo potom počas skladovania mäkne a zahníva.
V jeseni, pri uskladňovaní, sa napadnutie ťažko zisťuje. Pri silnom postihnutí môže dôjsť až k ich úplnému znehodnoteniu. Pre napadnutie a jeho intenzitu je rozhodujúca hustota porastu. Husté a bujne rastúce porasty bývajú nápadne silnejšie poškodené ako riedke porasty.
Druhým poškodením je tzv. fuzáriová hniloba spôsobovaná viacerými druhmi rodu Fusarium. V poraste sa napadnutie prejavuje žltnutím listov.
Na koreňoch a na báze cibúľ sa objavujú nahnité miesta s bielym alebo bieloružovým povlakom. V skladoch na pozdĺžnom priereze sa objavuje vodnaté pletivo. Huba preniká do cibúľ cez koreňové vlásky a cez rôzne poškodenia.
Treťou hubou spôsobujúcou hnitie cibule je Sclerotium cepivorum, tzv. biela skleróciová hniloba. Významná je hlavne na cibuli a pažítke, najmä pri vlhkom a chladnom počasí.
Optimálne teploty na šírenie huby sú 15 až 20 °C. Napadnuté rastliny vädnú, pričom korene bývajú obalené bielym vatovitým mycélom huby. Neskôr v ňom vznikajú čierne skleróciá, ktoré môžu v pôde prežívať až 10 rokov. Na kyslých pôdach sú škody vyššie.
Menej významná je suchá hniloba cibule spôsobovaná hubou Penicillium glaucum. Objavuje sa najčastejšie v okolí krčka alebo inak už predtým poškodeného pletiva. Povrch cibule sa zvrašťuje a pokrýva belasým alebo sivozeleným práškovitým povlakom. Hnijúce cibule vydávajú potuchnutý zápach.
Cibuľu môžu napadnúť aj baktérie Erwinia carotovora alebo Erwinia aroideae, ktoré spôsobujú mokrú hnilobu cibule. Dovnútra prenikajú cez rany a poškodené miesta. Najprv sa tvoria tmavé škvrny. Neskôr sa pletivo postupne rozpadáva, cibule pukajú, hnijú a menia sa na vodnatú alebo slizkú masu.
Všetci pôvodcovia sa prenášajú osivom, sadzačkou a napadnutými rastlinnými zvyškami, teda aj pôdou. Pri pestovaní treba preto používať iba zdravé osivo alebo sadzačky, prípadne morené. Značné rozdiely sú aj medzi odrodami.
Cibuľa pestovaná zo sadzačky býva viac napadnutá ako vypestovaná zo semena. Rastlinné zvyšky z napadnutých cibúľ sa nesmú vracať priamo na pozemok, ale je ich potrebné likvidovať, napríklad kompostovaním.
Treba dodržiavať osevný postup s najmenej štvorročným intervalom a primeranú hustotu porastu. Hnojenie dusíkom obmedziť na minimum, pretože prehnojené porasty sú výrazne náchylnejšie na napadnutie.
Pre obmedzenie hnitia v skladoch je nevyhnutné zberať cibuľu v plnej zrelosti, keď poľahnú asi dve tretiny vňate, podľa možnosti za suchého počasia. Pri zbere (ale aj počas vegetácie pri obrábaní) treba minimalizovať mechanické poškodenia. Po vybratí zo zeme je vhodné cibuľu sušiť 5 až 10 dní a až potom odstraňovať vňať.
Možné je aj umelé dosúšanie pri teplote 37 až 48 °C. Dôležité je dôkladné triedenie, napadnuté cibule sa nesmú uskladňovať. V sklade má byť čo najnižšia teplota, a to okolo 1 °C, a vzdušná vlhkosť približne 65 percent.
Pri zistení výskytu hniloby počas skladovania treba vykonať ďalšie triedenie plodín.
