Po svojom predchodcovi Jánovi Čarnogurskom zdedil spor s predsedom Najvyššieho súdu Štefanom Harabinom. Keď Súdna rada navrhla Harabina na ďalšie funkčné obdobie, označil to za „zlú správu“.
Za jednu z priorít si minister určil zavedenie súdneho manažmentu na všetky súdy. Na Najvyššom súde tomu bráni jeho predseda, ktorý počítačový projekt považuje za „nevydarený administratívny manažment“. Ministerstvo napadla aj firma Softip, ktorá vytvorila program pre pilotný projekt na Okresnom súde v Banskej Bystrici. Firma tvrdí, že ho ministerstvo zavádza na ostatné súdy protiprávne, rezort obvinenia odmietol.
Verejnosť zaujalo aj prepustenie odsúdeného vydierača a údajného bossa podsvetia Mikuláša Černáka na slobodu. Lipšic to odmietol označiť za neúspech. „Zostáva jedným z najvyššie postavených predstaviteľov organizovaného zločinu, ktorý bol právoplatne v celej strednej Európe odsúdený,“ povedal.
Ministerstvo pripravilo viacero právnych noriem.
Názor opozície:
MIROSLAV ÁBELOVSKÝ, poslanec HZDS, advokát: „Doterajšie ministrovo pôsobenie považujem za úbohé. Nič, čo bolo sľubované, sa neurobilo. Aféry okolo Štefana Harabina dokázali, že minister nie je spôsobilý riadiť rezort a vyviesť ho z dlhodobej krízy. Tá spočíva okrem iného aj vo veľkom množstve nedokončených vecí. Má nesprávne vzory o niektorých súdnych funkcionároch, ktorých dáva za vzor a sú združení v Združení sudcov Slovenska. Minister je odtrhnutý od sudcov na nižších úrovniach a vôbec s nimi nekomunikuje. Takto si ich dôveru nezíska.“
